儿童鼻腔镜检查通常会有一定的不适感，但多数儿童可以耐受，其痛苦程度主要取决于孩子的配合度、鼻腔状况以及操作方式。
鼻腔镜检查需要将细长的内窥镜伸入鼻腔，这个过程可能会引起孩子鼻部的异物感、酸胀感或轻微疼痛，类似于有东西在鼻子里轻轻搅动。对于配合度较好的孩子，医生会先使用含有表面麻醉成分的喷雾，如盐酸利多卡因喷雾剂，来减轻鼻腔黏膜的敏感度，这能显著降低检查过程中的不适。检查时，孩子可能会因为紧张或害怕而哭闹，这反而会增加操作难度和不适感。如果孩子鼻腔本身有炎症、鼻甲肥大或分泌物较多，内窥镜通过时可能会碰到肿胀的黏膜，导致更明显的疼痛或少量出血。对于特别敏感或无法配合的低龄儿童，医生有时会考虑在检查前使用镇静药物，如水合氯醛口服液，让孩子在睡眠状态下完成检查，这样孩子基本不会感到痛苦。整个检查过程通常很快，一般只需几分钟，医生会尽量轻柔快速地完成操作。
家长在检查前应做好孩子的心理安抚，用孩子能理解的语言解释检查过程，比如告诉孩子医生会用一个小摄像头看看鼻子里有没有“小怪兽”。检查时家长可以陪伴在旁，握住孩子的手给予鼓励。检查后如果孩子鼻腔有少量血丝或感到轻微不适，通常无需特殊处理，会自行缓解。如果孩子出现持续疼痛、大量出血或发热等情况，应及时带孩子就医复查。
